在丈夫面前的新婚妻子莫娜米酱

 在风景秀丽，气候宜人的王冠市，即将举行神奇宝贝足篮世界杯比赛，届时，大批的观众和训练师会涌入此处，整个城市将会陷入一片欢乐的海洋之中。小智（松本梨香 配音）一行人正在前往王冠市的路上，旅途中，他们遇见了名为索罗亚的神秘神奇宝贝，它不仅能够幻化成人类的姿态，还能够通过心电感应和人类交流。小智和索罗亚结伴前行，哪知道王冠市竟然发生了神奇宝贝暴动事件，雷公、炎帝和水君本是城市的守护神，却不知为何向市民们发起了进攻，城市之中一片混乱景象。这一切的始作俑者是名为克林克斯（阵内孝则 配音）的企业家，而他亦是索罗亚想要寻找的同伴。

　　故事背景设置在残酷的娱乐圈内，这个充斥着浮华、魅影、聚光灯的幕后。渐渐褪色的电影天后Shanaya求助于黑魔法来阻扰平步青云的影坛新星Sanjana，因为Sanjana已不择手段地篡夺了她曾经的位置。无情的Sanjana还利用她的爱人Aditya对付她，而Aditya当初和她在一起，只不过是把她当成一颗棋子助自己事业一臂之力。Aditya爱上了Sanjana并发誓会保护她，然而此时的Shanaya已成为一个疯狂的魔鬼，她誓要耗尽他们所有人的生命。

　　丰国商事在北海道纹别地区一直进行着森林采伐，作为现场监督人员的后藤裕一无意中发现了隐藏在这片森林之 中的古代遗迹并将埋藏在这片遗迹中的一枚盾牌拿了回去。　　其实这片遗迹是妖精族留下来的，在此地还 封印了一个叫做帝斯基多拉的宇宙怪兽。6500万年前从外星而来的它毁灭了一切植物，导致了恐龙灭绝，而那枚盾牌正是用来封印怪兽帝斯基多拉的。　　对此毫不知情的裕一将这枚盾牌带回了位于都内自己的 家并把它作为挂饰送给了自己的女儿，然后自己又返回到了采伐现场。黑色妖精贝拉贝拉飞来抢夺这枚盾牌并与对立派莫儿、罗拉姐妹展开了盾牌争夺战。在被莫儿、罗拉姐妹告知盾牌和封印的由来的后藤一家与莫儿、罗拉姐妹一起准备前往纹别。但在纹别的却出现了一块巨大的岩石。在后藤一家的协助之下罗拉姐妹夺回了盾牌，但是怪兽帝斯基多拉却从岩石中复活了。它像恶魔一样恐怖。为了打到怪兽帝斯基多拉，莫儿召唤来了摩斯拉。但是摩斯拉刚刚产完卵，寿命不长的她和怪兽之间陷入了苦战。为了助自己母亲一臂之力早产的 幼虫通过自己的丝和光线支援母亲作战。　　摩斯拉不断挑战怪兽，使水库决堤成功的将怪兽逼到了对岸，但是摩斯拉拼尽了全力最终沉入了海底。在这之后，幼虫在屋久島充分吸收了森林的能量新的摩斯拉再次诞生了。于此同时怪兽也已经重新恢复到毁灭地球时的完 全状态，新的摩斯拉与怪兽再次交战，他以压倒性的力量和优势再次将怪兽封印到了地下。此后，摩斯拉让被怪 兽烧掉的已成荒芜的北海道瞬间重获绿色，并和莫儿、罗拉姐妹一起返回到了家乡。